- Museo degli Strumenti per il Calcolo
- Museo degli Strumenti di Fisica
- Orto e Museo Botanico
- Collezioni Egittologiche
- Gipsoteca di Arte Antica
- Museo Anatomico Veterinario
- Museo della Grafica di Pisa (Palazzo Lanfranchi)
- Museo di Anatomia Patologica e Paleopatologia
- Museo di Anatomia Umana "Filippo Civinini" - Museo di Anatomia Umana dell'Università di Pisa
- Museo di Storia Naturale dell'Università di Pisa
